| jambw 1.1 |
Java语言是一个跨操作平台的语言，用该语言编写的软件，可以跨操作平台使用，只要这个系统有支持Java语言的环境即可。在Windows环境下，IE与Netscape 浏览器均支持Java 语言，所以用 Java语言编写的分子生物学软件JaMBW便是在浏览器下工作的。JaMBW是一个分子生物学软件包，功能包括：序列格式转换、求序列的补体序列与逆序列、将DNA序列翻译成蛋白序列、序列分析、 多序列比较、特征位点查找、3维分子结构查看、PCR引物设计、缓冲液设计等功能，包含了分子生物学研究常用的一些操作。JaMBW是一个非常出色的工具软件。版本号1.1。 |
| AnnHyb v.4.935 |
DNA工具软件，对短DNA序列，它可进行补体序列生成、融合温度预测、GC百分含量计算、分子量计算、摩尔消光系数计算等功能。增加了许多功能，包括序列检索、注释、编辑，格式转换，限制酶分析、翻译、序列查找、反序与补序、序列统计、ORF查找、寡序列分析、探针分析等等，是一个有用而方便的小工具。 |
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Chromas 2.31
Chromas lite 2.01 |
另一个可打开ABI格式序列文件，查看与编辑的Windows95软件。原始网站有Windows3.1版本。 共享软件，可免费使用60天,lite版本为免费版。注册费75澳元，相当于45-50美元。 |
| DNAProbe |
为了确定蛋白家族新成员的基因序列，常常需要根据蛋白序列对比设计核苷酸序列。 DNAPROBE便是用来帮助在这种情况下进行核苷酸序列设计。 |
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DnaSP 4.10.7 |
基因多态性分析软件，输入比对后的DNA序列文件，进行基因多态性分析。 |
| DFW 2.21 |
DNA for Windows的缩写，是一个易于使用的DNA分析软件，主要用于小规模序列分析，例如用来编辑与显示ABI仪器获得的色谱文件。程序具有DNA翻译与限制酶分析功能，并可以利用外部程序CLUSTALW 进行序列比对。注册费50英镑。 |
| Artemis R8 |
Artemis是a DNA sequence viewer and annotation tool的缩写，为一个免费的DNA序列查看器与注释工具，可以以图形形式查看序列的各种分析结果与特性。以Java写成，需要安装JRE1.2后(5.1M)，直接双击便可执行。程序读取EMBL与GENBANK格式的序列与纯DNA序列，为英国桑格中心推出。 |
| ACT R5 |
是Artemis Comparison Tool的缩写，DNA序列比较查看器，基于Artemis程序写成，也是以Java语言推出，需要安装JRE1.2后(5.1M)，直接双击便可执行。。主要用来读取与显示blastx与tblastx的比较结果，也可以读取与图形化查看EMBL与GENBANK数据库的条目，同样为英国桑格中心推出。 |
| GDA 1.1 |
GDA为(Genetic Data Analysis)的缩写，主要用来进行不连续基因数据的统计分析，输入文件格式为NEXUS ，BIOSYS ,Weir与GeneStrut 。 |
| RDP 1.09 |
recombination detecting program的缩写。在病毒的进化中，基因组的重组被认为是一个主要作用。该软件从一组比对的核酸序列中查找可能的重组序列。输入的比对核酸序列文件格式支持FASTA, GCG, NEXUS, CLUSTAL or DNAMAN 等格式。解压后有一个详细的Word格式的帮助文件。 |
| Sequencher 4.6 Demo |
序列拼接软件，还具有ORF分析、蛋白翻译、酶切位点作图、杂合子识别等分析功能。价格单机版3350美元。 |
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MeltCalc 免费简易版
MeltCalc 2.0 6天限时专业版 |
需要自行到原始网站注册获得。自动计算DNA序列热力学数据的Excel电子表格宏软件。基于热力学计算，根据输入的核酸序列，自动计算热力学数据，融合温度（Tm)，设计杂交探针。软件不支持引物设计，所以可与Prime3（引物设计）联合使用。注册费140欧元。 |
| ConsInspector 3.3 |
DNA蛋白结合位点预测识别软件。软件包括1996年8月的共有序列库（consensus library）。通过比较预先设定的共有序列库来识别预测共有序列。 |
| GBuilder 1.23 |
是JAVA语言编制的用来分析与显示DNA序列（例如来自高通量基因测序与已表达序列标志（ETS）数据库的序列数据）的软件，GBuilder使用CORBA链接到位于EBI的数据库服务器。使用此程序，需要安装java运行环境。 |
| GenomePixelizer 2003.10.1版 |
显示基因组中重复基因与基因簇成员之间的相互关系的软件。特别是检测基因组中的重复事件（duplicating events），追踪进化的“足迹”以及显示遗传图等。程序需先安装TCL/TK后（分别为2.5M与1.1M），才能执行。 |
| LabBook Genomic XML Viewer 3.3.0.41 |
是一个图形化显示并处理GenBank序列数据的免费软件。 |
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GenescanView1.2 4
GenescanView1.2 8 |
查看基因扫描（genescan）格式.fsa文件并计算峰大小的小软件,意大利University of Padova提供，两个软件均可使用，可能稍有不同。 |
| Pyxis 2.0 |
是一个分析一组功能相关的基因形成的基因簇是否具有统计学意义的软件。目前只能用Saccharomyces cerevisiae 基因组数据进行统计分析。 |
| Sequin 6.25 |
Sequin是一个独立的程序，由NCBI（美国国家生物情报中心）开发，用来向三大核酸数据库GenBank, EMBL, DDBJ 查询与提交序列数据。非常重要的一个工具软件。 |
| DNAuser 1.0 |
一个简单的多功能DNA序列分析软件。由DNAClub更新而来。该软件的开发者为陈雄风研究员，是浙大的客座研究员。 |
| DNA Tool 6.0.122 |
DNATool是一个功能很全面的DNA序列分析工具包，共享软件，免费注册。它包括的功能有：序列编辑与类似序列查找、建立自己的序列数据库进行查找、多序列比较、序列翻译、蛋白序列分析、引物设计与分析、基因表达序列分析（SAGE）功能等，还包括DNA分析常用到的一些功能，如碱基百分组成、分子量计算等，可以说包括了大多数DNA分析的内容，是一个不可多得的好工具。 |
| Gene Construction Kit 2.5 Demo |
与大多数分析的软件不同，它管理并显示克隆策略中的分子构建过程，包括分子构建，电泳条带。另外，还可以质粒作图（有序列没序列均可）。建议所有分子生物实验人员和克隆策略人员备用，Demo版有不能打印输出保存等等限制。软件所需的酶数据库，解压至GCK Data目录，250K。 |
| GenomeComp 1.3 |
中科院生物物理所生物信息实验室推出的可视化的微生物基因组比较工具。它可以接受FASTA、GenBank或EMBL等多种输入数据格式，自动在后台调用BLAST包中的核酸序列比较软件进行比较操作，然后对结果进行分析和处理，过滤掉冗余的信息，最终将结果以动态的图形化方式显示出来。此软件特别适用于比较具有较近亲缘关系的物种或同一物种的不同株的基因组，可以很容易的发现出它们之间在基因组水平的变异，如插入、缺失或转置等等。源代码，130K。 |
| Apollo 1.6.4 |
Java语言开发的基因组注释显示编辑软件。 |
| SNPHunter 1.73 |
SNP（单核苷酸多态性）查找软件。 |
| SSRHunter 1.3 |
南京农大金陵研究院李强 编写的SSR（Simple Sequence Repeat，即简单序列重复，又称微卫星DNA）位点查找软件。 |
| iCE 3.5 |
internet Contig Explorer首字母的缩写，Java语言编写的显示基因指纹图及相关数据的软件。 |
| MB6.82 |
免费的DNA分析软件，可寻找酶切位点，绘制质粒图谱、设计PCR引物、分子量计算、序列比对等等。 |
| FinchTV 1.4 |
免费的DNA图谱分析软件。 |
| Sequence Scanner v1.0 |
显示分析ABI基因分析仪DNA图谱数据软件。 |
| CodonCode Aligner 1.5.2 |
DNA测序trace图编辑、突变分析、contig编辑、序列拼接软件。 |
| WinGene 2.31 |
分析核酸序列的多用工具软件。 |
| BioLign 4.0.6 |
免费序列拼接软件。 |
