寡核苷酸近末端位点的酶切
(Cleavage Close to the End of DNA Fragments (oligonucleotides))
为了解不同内切酶对识别位点以外最少保护碱基数目的要求，NEB采用了一系列含识别序列的短双链寡核苷酸作为酶切底物进行实验。实验结果对于确定双酶切顺序将会有帮助（比如在多接头上切割位点很接近时），或者当切割位点靠近DNA末端时也很有用。在本表中没有列出的酶，则通常需在识别位点两端至少加上6个保护碱基，以确保酶切反应的进行。
实验方法：用γ-[32P]ATP在T4多聚核苷酸激酶的作用下标记0.1A260单位的寡核苷酸。取1 µg已标记了的寡核苷酸与20单位的内切酶，在20°C条件下分别反应2小时和20小时。反应缓冲液含70 mM Tris-HCl (pH 7.6), 10 mM MgCl2 , 5 mM DTT及适量的NaCl或KCl（视酶的具体要求而定）。20%的PAGE（7 M尿素）凝胶电泳分析，经放射自显影确定酶切百分率。
本实验采用自连接的寡核苷酸作为对照。若底物有较长的回文结构，切割效率则可能因为出现发夹结构而降低。
| 酶 |
寡核苷酸序列 |
链长 |
切割率% |
| 2 hr |
20 hr |
| Acc I |
GGTCGACC
CGGTCGACCG
CCGGTCGACCGG |
8
10
12 |
0
0
0 |
0
0
0 |
| Afl III |
CACATGTG
CCACATGTGG
CCCACATGTGGG |
8
10
12 |
0
>90
>90 |
0
>90
>90 |
| Asc I |
GGCGCGCC
AGGCGCGCCT
TTGGCGCGCCAA |
8
10
12 |
>90
>90
>90 |
>90
>90
>90 |
| Ava I |
CCCCGGGG
CCCCCGGGGG
TCCCCCGGGGGA |
8
10
12 |
50
>90
>90 |
>90
>90
>90 |
| BamH I |
CGGATCCG
CGGGATCCCG
CGCGGATCCGCG |
8
10
12 |
10
>90
>90 |
25
>90
>90 |
| Bgl II |
CAGATCTG
GAAGATCTTC
GGAAGATCTTCC |
8
10
12 |
0
75
25 |
0
>90
>90 |
| BssH II |
GGCGCGCC
AGGCGCGCCT
TTGGCGCGCCAA |
8
10
12 |
0
0
50 |
0
0
>90 |
| BstE II |
GGGT(A/T)ACCC |
9 |
0 |
10 |
| BstX I |
AACTGCAGAACCAATGCATTGG
AAAACTGCAGCCAATGCATTGGAA
CTGCAGAACCAATGCATTGGATGCAT |
22
24
27 |
0
25
25 |
0
50
>90 |
| Cla I |
CATCGATG
GATCGATC
CCATCGATGG
CCCATCGATGGG |
8
8
10
12 |
0
0
>90
50 |
0
0
>90
50 |
| EcoR I |
GGAATTCC
CGGAATTCCG
CCGGAATTCCGG |
8
10
12 |
>90
>90
>90 |
>90
>90
>90 |
| Hae III |
GGGGCCCC
AGCGGCCGCT
TTGCGGCCGCAA |
8
10
12 |
>90
>90
>90 |
>90
>90
>90 |
| Hind III |
CAAGCTTG
CCAAGCTTGG
CCCAAGCTTGGG |
8
10
12 |
0
0
10 |
0
0
75 |
| Kpn I |
GGGTACCC
GGGGTACCCC
CGGGGTACCCCG |
8
10
12 |
0
>90
>90 |
0
>90
>90 |
| Mlu I |
GACGCGTC
CGACGCGTCG |
8
10 |
0
25 |
0
50 |
| Nco I |
CCCATGGG
CATGCCATGGCATG |
8
14 |
0
50 |
0
75 |
| Nde I |
CCATATGG
CCCATATGGG
CGCCATATGGCG
GGGTTTCATATGAAACCC
GGAATTCCATATGGAATTCC
GGGAATTCCATATGGAATTCCC |
8
10
12
18
20
22 |
0
0
0
0
75
75 |
0
0
0
0
>90
>90 |
| Nhe I |
GGCTAGCC
CGGCTAGCCG
CTAGCTAGCTAG |
8
10
12 |
0
10
10 |
0
25
50 |
| Not I |
TTGCGGCCGCAA
ATTTGCGGCCGCTTTA
AAATATGCGGCCGCTATAAA
ATAAGAATGCGGCCGCTAAACTAT
AAGGAAAAAAGCGGCCGCAAAAGGAAAA |
12
16
20
24
28 |
0
10
10
25
25 |
0
10
10
90
>90 |
| Nsi I |
TGCATGCATGCA
CCAATGCATTGGTTCTGCAGTT |
12
22 |
10
>90 |
>90
>90 |
| Pac I |
TTAATTAA
GTTAATTAAC
CCTTAATTAAGG |
8
10
12 |
0
0
0 |
0
25
>90 |
| Pme I |
GTTTAAAC
GGTTTAAACC
GGGTTTAAACCC
AGCTTTGTTTAAACGGCGCGCCGG |
8
10
12
24 |
0
0
0
75 |
0
25
50
>90 |
| Pst I |
GCTGCAGC
TGCACTGCAGTGCA
AACTGCAGAACCAATGCATTGG
AAAACTGCAGCCAATGCATTGGAA
CTGCAGAACCAATGCATTGGATGCAT |
8
14
22
24
26 |
0
10
>90
>90
0 |
0
10
>90
>90
0 |
| Pvu I |
CCGATCGG
ATCGATCGAT
TCGCGATCGCGA |
8
10
12 |
0
10
0 |
0
25
10 |
| Sac I |
CGAGCTCG |
8 |
10 |
10 |
| Sac II |
GCCGCGGC
TCCCCGCGGGGA |
8
12 |
0
50 |
0
>90 |
| Sal I |
GTCGACGTCAAAAGGCCATAGCGGCCGC
GCGTCGACGTCTTGGCCATAGCGGCCGCGG
ACGCGTCGACGTCGGCCATAGCGGCCGCGGAA |
28
30
32 |
0
10
10 |
0
50
75 |
| Sca I |
GAGTACTC
AAAAGTACTTTT |
8
12 |
10
75 |
25
75 |
| Sma I |
CCCGGG
CCCCGGGG
CCCCCGGGGG
TCCCCCGGGGGA |
6
8
10
12 |
0
0
10
>90 |
10
10
50
>90 |
| Spe I |
GACTAGTC
GGACTAGTCC
CGGACTAGTCCG
CTAGACTAGTCTAG |
8
10
12
14 |
10
10
0
0 |
>90
>90
50
50 |
| Sph I |
GGCATGCC
CATGCATGCATG
ACATGCATGCATGT |
8
12
14 |
0
0
10 |
0
25
50 |
| Stu I |
AAGGCCTT
GAAGGCCTTC
AAAAGGCCTTTT |
8
10
12 |
>90
>90
>90 |
>90
>90
>90 |
| Xba I |
CTCTAGAG
GCTCTAGAGC
TGCTCTAGAGCA
CTAGTCTAGACTAG |
8
10
12
14 |
0
>90
75
75 |
0
>90
>90
>90 |
| Xho I |
CCTCGAGG
CCCTCGAGGG
CCGCTCGAGCGG |
8
10
12 |
0
10
10 |
0
25
75 |
| Xma I |
CCCCGGGG
CCCCCGGGGG
CCCCCCGGGGGG
TCCCCCCGGGGGGA |
8
10
12
14 |
0
25
50
>90 |
0
75
>90
|
