Li等人随后又对进行重组研究十分关键的单精子的两个不同基因座的DNA序列进行扩增。供体雄配子的第六条染色体上的HLAAQα基因座及第十九条染色体上的LDLR 基因是杂合的。最初想在LDLR和DQα引物存在的条件下同时扩增两个基因座的全序列的努力未能成功。取而代之，在两对引物存在时，先扩增20个循环，经这种最初扩增以后，将1／50反应混合物加入试管内，用只含HLA引物的PCR缓冲液稀释，另一份同等量的反应混合物经只含DLDR引物的PCR缓冲稀释，再进行45个扩增循环以后，用第二次反应产物的一部分与具有等位基因位点特异的两个ASO杂交。123个样品（85％）有杂交信号。剩下的27个样品无扩增位点。123个样品中有9个至少发现在两基因座其中之一有两个等位基因，而对这些样品未作进一步的分析。这些样品中可能有不同基因型的两种精子，而不是由于减数分裂连锁造成的。因为最近细胞学有关人精子的研究结果表明单个染色体的平均连锁频率在0.1％水平，远远低于所观察到的频率。

　　在剩下的114个精子中，LDLR基因座有96个已经定型，其中45个为LDLRL、51个为 LDLR2。两等位基因的比率理论值为1：1（平方差＝0.375，0.75>p>0.5ldf)88个的 DQα等位基因的分离处于具有统计学意义的临界值（平方差＝3.68，0.1>P>0.05， ldf)。上述结果表明：1）统计上的不稳定性，2）由于该基因座具有大量的多态性， PCR引物与供体DQαDNA序列之间的错配导致两个DQα等位基因不均等扩增，或3）一 些异常的遗传现象如异常分离。

　　114个精子中有70个（61％）在两个基因座可见到杂交点。染色体6和染色体19的独立分离应该出现同频率的四种可能的配子：DQA1，LDLrl;DQA1，LDLr2;DQA2， LDLfrl;DQA2，LDLr2。Li等人观察的结果每种类型分别为21，18，14和17个，这些结果与所预料的分布无明显差异（平方差＝1.43，0.75>P>0.5，3df）。结果表明可以同时在两个不同的遗传位点可靠而有效地确定单个精子的基因型。

　　在有一个杂交信号的114个杂交样品中，18个有两个DQα等位的基因中的一个，但LDLR产物未能检测到。26个精子有两LDLR等位基因中的一个，但没有扩增HLA基因座。由于已知连锁不大可能扩增，因此在这些精子中被研究的这两个染色体有一个是 缺对的（缺对染色体）。

　　LDLR和DQα基因座扩增的相对频率几乎是相等的。141个样品中88个扩增DQα． 96个扩增LDLR。因此检测DQα和LDLR扩增产物的可能性分别为62％和68％。上述结果 仅为估计值，因为实际上不能够确定141个样品都只含有单个精子。

　　但可用下列数据估计样品的预期频率：1）两个基因座上的单等位基因的扩增， 2）仅一个位点的扩增，或3）假设每个基因座的扩增是独立进行的，没有基因座笪到扩增。结果表明69个精子的两个基因座的单等位基因被扩增了，45个只有单个基因座的单等位基因进行了扩增，27个无基因座扩增。当观察的实验结果与独立扩增的频率相比较时，结果具有很高的统计学意义（方差＝13.0，P>0.995，2df）。其余的精子则只有两个基因座的扩增或无基因座扩增，以及远低于预期的两个基因座中单一位点扩增。结果与裂解的雄配子适宜于两个基因座的扩增或未裂解的精子不能够进行两个基因认的扩增相一致。因此，如果样品裂均匀，两个基因座的扩增就可能不是独立进行的。因此，一个靶DNA分子同PCR反应物的亲和性与其它靶DNA分子的亲和性成正相关性。可以通过改进裂解过程进而增加靶DNA的亲和性来提高单精子的扩增率。