“百人计划”始于1994年。计划实施的初始阶段，提出到20世纪末从国内外吸引百名优秀青年学术带头人，因此称为“百人计划”。

1997年，“百人计划”做了部分调整，适当扩大了招聘规模，并把中科院获“国家杰出青年基金”资助者纳入“百人计划”管理。

1998年，经党中央、国务院批准，中国科学院启动了知识创新工程试点工作，为适应创新试点工作对人才的需求，“百人计划”进行了较大调整，于1998年增加了“引进国外杰出人才”的内容，计划在3年内每年从国外引进100名杰出人才，同时继续面向国内引进学术技术带头人。其中“引进国外杰出人才”所需经费由中央财政拨专款予以支持。

2001年，中国科学院知识创新工程试点工作进入全面推进阶段。根据形势发展的要求，“百人计划”又进行了适当调整，计划自2001年至2005年，每年从国外引进100名、国内引进30名优秀人才。调整后的“百人计划”根据资助经费的来源、额度等方面的不同，可以分为“国外杰出人才”、“海外知名学者”和“国内百人计划”三个部分（详细内容请访问“百人计划办公室”栏目）。

2003年，为更好的适应我院新时期办院方针对人才队伍建设的要求，“百人计划”的招聘方式进行了较大的调整。调整的基本思路是：在继续保持现有品牌效应的前提下，充分发挥研究所在引进人才方面的主体作用，由目前的“所先行推荐，院评审决策”改变为“所自主决策，院择优支持”，将人才引进的决策权交给研究所，鼓励研究所根据发展需要，制定人才规划，建立人才公平竞争的平台，并依照现有的支持方式及额度，自主予以支持；院按照科技布局和创新目标，设立相应的评价标准与评估程序，对引进的人才授予相应的称号，对工作进展好的人才择优予以经费支持。

为加强对“百人计划”工作的管理，中国科学院成立了“百人计划”工作领导小组，成员包括分管人才工作的院领导、有关部门的局领导以及财政部、科技部有关司局的领导；下设“百人计划”办公室，负责日常管理工作，该办公室挂靠在人事教育局科技干部处。

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