传统方法难以对蛋白质进行分离且保持其活性，但采用连在磁珠上的单克隆抗体进行免疫沉淀富集，SDS-PAGE电泳法检测则可达想要结果。用磁珠分离细胞溶菌液中的蛋白质，几乎不需要预先处理，与其他方法相比，非特异性结合也较少。
要从全血，培养上清液，血清，腹水中分离蛋白质，用于制备、分析，运用磁珠作为固相载体进行免疫测定的优点在于快速的结合动力学和简单的分离，洗涤过程。在蛋白质纯化中，为了得到高结合容量需使用大孔如粒径为3.5um，并用链霉亲和素修饰的磁珠，生物素修饰的免疫球蛋白（IgM）可顺利结合到磁珠上。键合配基的活性不会因孔结构而改变。
金属鳌合磁珠亲和纯化是一种纯化重组蛋白的方法。在磁珠表面共价键合Nitrilotriacetic acid（NTA）,加入Ni2+形成鳌合亲和磁珠纯化组氨酸标记的多肽。利用低浓度咪唑可将鳌合的肽洗脱。这种磁性鳌合载体为含量稀少，疏水，不稳定的重组蛋白和多肽纯化提供了新的思路。
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